Στις 15 Ιουλίου 1965 ο λαοπρόβλητος πρωθυπουργός Γεώργιος Παπανδρέου εξαναγκάστηκε σε παραίτηση από τον νεαρό βασιλιά Κωνσταντίνο, επειδή θέλησε να αναλάβει ο ίδιος το Υπουργείο Εθνικής Άμυνας, αντί του Πέτρου Γαρουφαλιά, εκλεκτού του Παλατιού. Την ίδια ημέρα ορκίστηκε κυβέρνηση από αποσχισθέντα στελέχη του κόμματός του, της Ένωσης Κέντρου, που έμειναν στην ιστορία ως «Αποστάτες». Ακολούθησε μία περίοδος έντονης πολιτικής ανωμαλίας («Αποστασία»), που οδήγησε τελικά στο πραξικόπημα της 21ης Απριλίου 1967…
Στις 16 Φεβρουαρίου 1964 ο Γεώργιος Παπανδρέου και η Ένωση Κέντρου κατήγαγαν εκλογικό θρίαμβο, λαμβάνοντας το 52,8% των ψήφων και μία άνετη πλειοψηφία 171 εδρών στη νέα Βουλή. Η νέα κυβέρνηση που προέκυψε έφερε τη σφραγίδα του πρωθυπουργού, ο οποίος προσπάθησε να τηρήσει, όχι τόσο επιτυχημένα, τις εσωκομματικές ισορροπίες. Ήταν ένα εγχείρημα αρκετά δύσκολο, διότι η Ένωση Κέντρου ήταν ένας κομματικός σχηματισμός χωρίς ιδιαίτερη ιδεολογική συνοχή. Περιλάμβανε στις τάξεις του από φιλοβασιλικούς δεξιούς και σκληρούς αντικομουνιστές έως δημοκρατικούς σοσιαλιστές.
Στο Υπουργείο Προεδρίας τοποθετήθηκε ο Ανδρέας Παπανδρέου, κόκκινο πανί για το Παλάτι και τη Δεξιά, στο Υπουργείο Οικονομικών ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, πολιτικός με ηγετικές φιλοδοξίες και ιδιαίτερες ικανότητες στο παρασκήνιο και στο Υπουργείο Εθνικής Αμύνης ο Πέτρος Γαρουφαλιάς, φίλος μεν του πρωθυπουργού, αλλά κυρίως πολιτικός με στενές σχέσεις με το Παλάτι. Εκτός κυβερνητικού σχήματος έμειναν στελέχη της αριστερής πτέρυγας του κόμματος, όπως ο Ηλίας Τσιριμώκος και ο Σάββας Παπαπολίτης.
Η έλλειψη συνοχής στο κυβερνητικό στρατόπεδο φάνηκε πολύ γρήγορα. Στην ψηφοφορία για την ανάδειξη προέδρου της Βουλής, ο κυβερνητικός υποψήφιος Γεώργιος Αθανασιάδης – Νόβας καταψηφίστηκε και χρειάστηκε δεύτερη ψηφοφορία για να εκλεγεί (19 Φεβρουαρίου 1965). Τότε ήταν που ο Γεώργιος Παπανδρέου εκστόμισε την περίφημη φράση του «Οι θριαμβευταί της 16ης Φεβρουαρίου εγίναμεν η χλεύη των ηττημένων». Ο πρωθυπουργός χαρακτήρισε ως «οργανωτές της συνωμοσίας» τον Ηλία Τσιριμώκο και τον Σάββα Παπαπολίτη και ανακοίνωσε τη διαγραφή τους. Σύντομα, όμως, αναγκάστηκε να ανακαλέσει την απόφασή του. Τελικά, η κυβέρνηση Παπανδρέου θα λάβει ψήφο εμπιστοσύνης στις 5 Απριλίου 1964.
Από τις πρώτες μέρες της ανόδου της στην εξουσία, η κυβέρνηση Παπανδρέου θέλησε να καταθέσει το στίγμα της, παρουσιάζοντας ένα φιλολαϊκό πρόσωπο και επιδιώκοντας να ξηλώσει το μετεμφυλιακό κράτος της Δεξιάς, με σειρά μέτρων που οδηγούσαν στην αποδυνάμωση των μηχανισμών του. Σε ό,τι αφορά τον τερματισμό του εμφυλιοπολεμικού κλίματος, η κυβέρνηση προχώρησε στην απελευθέρωση κομμουνιστών κρατουμένων, στην κατάργηση θεσμών αστυνόμευσης των πολιτικών απόψεων και στην ελεύθερη και ανεμπόδιστη δράση των συνδικαλιστικών οργανώσεων. Όμως, με τις περιορισμένες αλλαγές που πραγματοποίησε στην ηγεσία του στρατεύματος τον Απρίλιο του 1964, φάνηκε να αναγνωρίζει το προβάδισμα των Ανακτόρων στο νευραλγικό αυτό τομέα του κρατικού μηχανισμού.Οι δημοτικές εκλογές της 5ης Ιουλίου θα επιβεβαιώσουν την εκλογική καθίζηση της ΕΡΕ και την άνοδο των δυνάμεων της ΕΚ και της ΕΔΑ. Όλο αυτό το διάστημα ο Γεώργιος Παπανδρέου είχε να αντιμετωπίσει και πιέσεις από το εξωτερικό για τη λύση του Κυπριακού, ιδιαίτερα από την Ουάσιγκτον.
Στο εσωτερικό της Ένωσης Κέντρου, η κόντρα Μητσοτάκη – Α. Παπανδρέου βάθυνε ακόμη περισσότερο, όταν στις αρχές Νοεμβρίου η εφημερίδα «Ελευθερία», που στην περίοδο του «Ανένδοτου» ήταν η πιο πιστή στον Γεώργιο Παπανδρέου και στην πολιτική του γραμμή, εξαπολύει μία άνευ προηγουμένου επίθεση στον πρωθυπουργό. Τον κατηγορεί ότι «διοικεί δικτατορικώς την Ένωσιν Κέντρου» και ότι «κατήργησε την κοινοβουλευτικήν ομάδα και το υπουργικόν συμβούλιον». Ο εκδότης της εφημερίδας, Πάνος Κόκκας, έχει στενούς δεσμούς με τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη, ο οποίος δεν κρύβει τις φιλοδοξίες του να διαδεχτεί τον Παπανδρέου στην ηγεσία του κόμματος, ενώ του προκαλεί ιδιαίτερη ανησυχία η ραγδαία άνοδος και ακτινοβολία του Ανδρέα Παπανδρέου.
Το ανερχόμενο πολιτικό άστρο του Ανδρέα Παπανδρέου ανησυχεί, όχι μόνο τον Μητσοτάκη και τη Δεξιά, αλλά και τους Αμερικανούς, που βλέπουν ότι αμφισβητεί την πρωτοκαθεδρία τους στην Ελλάδα. Στις 15 Νοεμβρίου ο Ανδρέας Παπανδρέου υποβάλλει την παραίτησή του από την κυβέρνηση, λόγω διαφωνιών με τον πατέρα του, αλλά και των κατηγοριών μερίδας του Τύπου για χαριστικές αναθέσεις μελετών δημοσίων έργων. Στις εναντίον του επιθέσεις πρωτοστατεί η εφημερίδα «Ημέρα» του Τζώρτζη Αθανασιάδη και «Ελευθερία» του Πάνου Κόκκα, που διατηρεί φιλικούς δεσμούς με τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη.Οι βαθιές αντιθέσεις στους κόλπους της Ένωσης Κέντρου εκδηλώνονται για μία ακόμη φορά τον Ιανουάριο του 1966, όταν ο Γεώργιος Παπανδρέου έχει να αντιμετωπίσει νέα ανταρσία από βουλευτές του κόμματος του, που θα λήξει σύντομα. Ο Γεώργιος Παπανδρέου περνά στην αντεπίθεση και στις 23 Φεβρουαρίου 1965 αποκαλύπτει στη Βουλή το σχέδιο εκτροπής από την ομαλότητα με την επωνυμία «Περικλής».
Η Δεξιά δεν αφήνει την πρόκληση να πάει χαμένη και στα μέσα Μαΐου μέσω φιλικών της εφημερίδων ξεσκεπάζει μία οργάνωση στους κόλπους του στρατεύματος με την επωνυμία ΑΣΠΙΔΑ και αρχηγό τον Ανδρέα Παπανδρέου. Την ίδια περίοδο, ένας αντισυνταγματάρχης σε μονάδα πυροβολικού στον Έβρο, ονόματι Γεώργιος Παπαδόπουλος (ο μετέπειτα δικτάτορας), καταγγέλλει κομμουνιστική συνωμοσία στη μονάδα του. Η εφημερίδα «Ελευθερία» εξακολουθεί να πρωτοστατεί στις επιθέσεις κατά του Γεωργίου Παπανδρέου και ο αντιπολιτευόμενος Τύπος κάνει λόγο για ακυβερνησία.
Εν τω μεταξύ, από τον Απρίλιο του 1965 ο Ανδρέας Παπανδρέου έχει επανέλθει στην κυβέρνηση του πατέρα του μετά βαίων και κλάδων, ως αναπληρωτής Υπουργός Συντονισμού. Όλο αυτό το διάστημα που ήταν εκτός της κυβέρνησης φρόντισε να οικοδομήσει το ηγετικό του προφίλ, με περιοδείες σε όλη τη χώρα και να αναδειχθεί ως ο αδιαμφισβήτητος ηγέτης της αριστερής πτέρυγας της Ενώσεως Κέντρου.